كشف نائب الرئيس اليمني علي محسن الأحمر عن وجود خلافات قديمة بينه وبين الرئيس اليمني الراحل علي عبدالله صالح، حتى رفض الأخير أن يصافحه، وتدور الشكوك حول انتقام الأحمر من صالح وتسهيل عملية قتله عقب انتفاضته على الحوثيين، تشير العديد من المصادر إلى دور قطري في مقتل صالح، وهو ما قد يلمِّح إلى دور الأحمر في ذلك خاصة وأن صالح كان على تواصل بالعمليات المشتركة في مأرب والرياض حيث يقيم الأحمر.

  وقال في حوار صحافي عن تسجيل صوتي بينه وبين "صالح"  ليرد بأنه ليس صحيحًا وأنه مفبرك

وأقر الأحمر بخلافات بينه وبين صالح معلقًا على وساطة قال إنها أسقطت عقب رفض صالح مصافحته "نحن نرد على كل يمني أو وسيط خير، وكانت هناك وساطات للأشقاء، والسفير السعودي السابق في اليمن، ونحن في اليمن، تبنى وساطة بيني وبين علي عبدالله صالح، والوساطة كانت من المملكة".

ويضيف "التقينا في صلاة عيد فطر - أنا وعلي صالح بعد ذلك، وأخذ رئيس الجمهورية عبدربه منصور هادي بيدي ويد علي عبدالله صالح للسلام على بعض، ومددت يدي ولكنه لم يمد يده، وسقطت الوساطة".

 تفتح هذه التصريحات التساؤل عما إذا كان للأحمر دور في مقتل صالح خاصة وأن وساطة قطرية تدخلت لإخراج صالح من صنعاء قبل أن يفتك به "الحوثيون" قرب بلدة سنحان مسقط رأسه ويقتلونه برفقة مرافقه عارف الزوكا. وفجرت ثورة فبراير/شباط 2011م، الصراع بين صالح والأحمر، لكن تؤكد مصادر عسكرية يمنية أن صالح حاول قتل الأحمر بطيران سعودي في صعدة خلال الحرب الأخيرة التي خاضتها قواته (الفرقة الأولى مدرع) ضد الحوثيين، من خلال رسم إحداثيات للطيران السعودي كانت موقعًا يتمركز فيه الأحمر و قصفته مقاتلة سعودية عقب مغادرة الأحمر منه إلى مكان آخر. ويبدو أن الأحمر الذي يطمح في خلافة صالح في زعامة الهضبة الزيدية أراد التخلص منه وتصفية حسابات قديمة بين الرجلين اللذين حكما اليمن بالتشارك لأكثر من 33 عامًا.